Using Retroposed Elements to Reconstruct the Mammalian Pylogenic Tree

Grunddaten zu diesem Projekt

Beschreibung

Phylogenomic Archaeology to Elucidate the Mammalian Phylogenetic Tree. Highthroughput sequence data frequently contribute to confusion in solving some of the major steps in mammalian evolution. For example, there exists significant independent evidence for three conflicting hypotheses for which placental mammalian subdivision (clade) forms the base of the placental tree: the xenarthran clade, the afrotherian clade, or xenarthrans and afrotherians together as one clade. To resolve this and other current uncertainties in mammalian evolution we will identify and characterize phylogenetically informative retroposed elements, genomic sequences that, over millions of years, replicated and reinserted into new locations in genomes, leaving unique footprints useful for retracing the common ancestry of organisms. We will analyze the presence and absence of these elements in mammalian genomes to clarify the: (1) monophyly (common ancestry) of placentals plus marsupials, (2) basal relationships of placentals, (3) sister groups of primates, (4) major branches in rodents, (5) details of lagomorph evolution, (6) internal evolutionary relationships within the laurasiatherian, (7) afrotherian, and (8) xenarthran clades. A confirmed knowledge of the evolutionary relationships at all levels of the mammalian tree will provide a solid foundation for comparative genomics.Stammesgeschichtliche Archäologie zur Klärung der Evolution der Säugetiere. „High-throughput“-Sequenzdaten führen vielseits zu Kontroversen in der Auflösung der Säugerevolution. Zum Beispiel existieren Daten die gegensätzliche Hypothesen der Säugerevolution signifikant unterstützen: (1) Xenarthra, (2) Afrotheria und (3) Xenarthra und Afrotheria vereint an der Basis der Säuger. Um diesen Widerspruch und viele weitere Unsicherheiten im Stammbaum der Säuger zu klären, beabsichtigen wir neue molekulare Strategien einzusetzen. Dazu werden phylogenetisch informative genomische Ereignisse (springende Gene) gesucht, die über Jahrmillionen ihre Fingerabdrücke gemeinsamer Abstammung (1) der Placentalia und Marsupialia, (2) der basalen Verwandtschaften der Placentalia, (3) der Schwestergruppe der Primaten, (4) der wichtigsten Äste der Nagetiere, (5) in Deteils der Lagomorphen-Phylogenie, (6) der internen Abspaltungen innerhalb der Laurasiatheria, (7) der Phylogenie der Afrotheria, und (8) alle Xenarthran, hinterlassen haben. Ein auf springenden Genen basiertes zuverlässiges Wissen der Verwandtschaft der Säugetiere wird eine Basis für eine neue Ära der komparativen Genomik bieten.